生物兵器に対する最も有効な対応は、兵器として使用する可能性のある国家、組織に生物兵器を保有させないことである。そしてもし生物兵器が使用された場合には感染の拡大を防ぐため、患者の隔離と治療を行う必要がある。
生物兵器は従来より戦争で使用する兵器としての保有は生物兵器禁止条約で禁止されているが、実際のところそれが国際的に遵守されていたとは言い難い。
また研究目的で個人が保有することは多くの国で可能であったため、近年までテロリズムに対しては十分な対応ができていなかった。
生物兵器の大きな転換期となるのは1995年の地下鉄サリン事件で、この事件を受け、世界的に生物兵器の保有に関する法体制の整備が進んでいる。
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特にアメリカは2001年に炭疽菌を使用したテロが発生しており、生物兵器の保有、使用に関する法整備はいち早く行われた。
日本ではオウム真理教による一連の事件により、化学兵器に関する法律は整備されたが、生物兵器については野放しの状態で、近年になってようやく生物兵器の所持に関する法律の整備に乗り出したところである。